タイトルの問題の答えについて
オーソリ履歴テーブルの入出力時間が無視されることに納得がいかず、自分なりに整理してみました。
これが正しいのか判定していただきたいです。

前提
・ランダムに入出力する場合の処理時間
 SQL処理時間 = CPU時間 + 入出力時間
・順次に入出力する場合の処理時間
 SQL処理時間 = MAX(CPU処理時間, 入出力時間)

SQL処理
ステップ① オーソリ履歴テーブルの全権取得（順次に入出力する非同期処理）
 入出力時間 96,000秒
 CPU処理時間 96,000秒
ステップ② 加盟店テーブルとの結合（加盟店テーブルへはランダムアクセス）
 入出力時間 800,000秒
 CPU処理時間 8,000秒

SQL処理時間 = MAX(96,000, 96,000) + 800,000 + 8,000 = 904,000秒

以上、よろしくお願いします。

その通りです。