解答としては一旦は理解しているのですが、単純に疑問があります。

ルートのサブタイプである納入ルートと配送ルートの属性、どちらも物流センタ拠点コードがあるのですが
これは共通の属性としてスーパータイプのルートに入っているのが普通ではないでしょうか？

このような設計になっている理由、何か見当つきますでしょうか？

スーパータイプで持っていても問題ないですが、配送ルートの配送元をいじる、という起因（P10の（2））なわけで、この先また変わったらまた持たせ方が変わってきて影響範囲がでかくなるので、意図的にサブタイプに持たせたと解釈できます。
手抜きといえば手抜きです。

ご回答ありがとうございます。

原状は配送元が共通でも
将来的にどちらかの配送元が変わることが想定される場合、その影響を最小限にするためにこのような設計にするケースも存在するということですね。

すごく納得できました。ありがとうございます。